Đối với các cơ sở nuôi chim yến trước thời điểm thông tư này có hiệu lực mà không đảm bảo điều kiện quy định tại thông tư này thì phải có biện pháp khắc phục chậm nhất đến ngày 31 tháng 12 năm 2014. Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm: Tham mưu cho Ủy ban nhân dân cấp tỉnh phê duyệt kế hoạch cụ thể triển khai thực hiện thông tư này; phối hợp với ngành thông tin truyền thông tại địa phương tổ chức tuyên truyền, phổ biến thông tư này đến tổ chức, cá nhân nuôi chim yến và người dân trong vùng nuôi chim yến, hướng dẫn chuyên môn nghiệp vụ liên quan đến khai báo nuôi chim yến cho Phòng chuyên môn cấp huyện, kiểm tra việc thực hiện quản lý, phối hợp công tác, chế độ báo cáo của Phòng chuyên môn cấp huyện, tập hợp số liệu thống kê về hoạt động nuôi chim yến trên địa bàn tỉnh, báo cáo Cục Chăn nuôi trước ngày 30 tháng 11 hàng năm; chỉ đạo và tổ chức kiểm tra việc thực hiện các quy định tại thông tư này, trình tự kiểm tra, đánh giá phân loại được thực hiện theo Thông tư số 14/2011/TT-BNNPTNT ngày 29 tháng 3 năm 2011 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quy định việc kiểm tra, đánh giá cơ sở sản xuất kinh doanh vật tư nông nghiệp và sản phẩm nông lâm thủy sản; đối với tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có điều kiện tự nhiên phù hợp với đặc điểm và tập tính tự nhiên của chim yến thì tổ chức nghiên cứu, đánh giá hiện trạng để xây dựng quy hoạch vùng nuôi chim yến tập trung trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh phê duyệt.
Ngoài ra, trách nhiệm của chủ cơ sở nuôi chim yến sử dụng âm thanh dẫn dụ, cường độ âm thanh không vượt quá 70 dBA (Đề xi ben A) trong khoảng thời gian từ 6 giờ đến 21 giờ và không được sử dụng âm thanh trong khoảng thời gian từ 21 giờ đến 6 giờ sáng ngày hôm sau; phải đảm bảo điều kiện về vệ sinh thú y và phòng chống dịch…